Заповедник «Хакасский» включает значительную долю водно-болотных угодий Хакасии, причем они различного типа.

Территория степных участков заповедника включает часть акваторий и побережий крупных озер – Беле, Шира, Иткуль, небольшой участок побережья Красноярского водохранилища, имеется также ряд небольших озер, различающихся по площади, глубине, степени минерализации.

Иткуль – самое большое пресное озеро республики, ее гордость. Большая часть акватории озера входит в состав заповедника. Именно благодаря этому факту мы сохраняем нашу «жемчужину». Не стоит забывать, что вода озера используется для водоснабжения курорта «Озеро Шира» и поселков Жемчужный и Колодезный, а величина забора в летнее время достигает 4 500 м3/сут.

Озеро Шира – сильно минерализованный водоем, прославившийся своими лечебно-рекреационными ресурсами. На нем функционирует одноименный курорт федерального значения, где используются минеральная вода и лечебные грязи. Заповедник включает небольшую часть акватории озера и заболоченную долину, по которой протекает река Сон, впадающая в Шира.

В состав заповедника входит лишь небольшая часть акватории и мелководный пролив озера Беле. Тем не менее – это ключевая орнитологическая территория регионального значения.

А вот всем известное озеро Улуг-коль является Ключевой орнитологической территорией уже Международного статуса и относится к водно-болотным угодьям, внесенным в Перспективный список Рамсарской конвенции.

Водоемы имеют важное значение для гнездования большого числа водоплавающих и околоводных птиц. Озеро Улуг-коль является важным местом нагула выводков огаря, пеганки, размножения шилоклювки, журавля-красавки, красноголового нырка, шилохвости, серой утки, чирка-трескунка, широконоски, травника, малого и морского зуйка, большого кроншнепа и др. На озере Беле гнездятся: лебедь-кликун, горбоносый турпан, огарь, пеганка, незначительное количество речных и нырковых уток, чайка-хохотунья, сизая чайка, журавль-красавка, различные виды куликов и др. Мелководный пролив озера Беле и озеро Улугколь являются составной частью Центральноазиатского (Енисейского) миграционного пути и служат важным местом остановок и концентраций перелетных птиц. В период весенних и осенних миграций, Улугколь является промежуточным этапом для пролета тысяч уток, гусей, лебедей и особенно куликов. На озере делает продолжительную остановку малый лебедь, лебедь кликун гуменник, пискулька, утки различных видов и др. На Беле в миграционный период в большом количестве останавливаются различные виды уток, кулики, гуси (преимущественно гуменник и серый, реже белолобый, пискулька, таежный гуменник и еще реже сухонос, краснозобая казарка), лебеди (кликун и малый) и др.

В горно-таежной части заповедника гидрографическая сеть развита хорошо и представлена многочисленными ручьями и малыми реками. Самой крупной рекой является Малый Абакан. К малым рекам относятся – Кайла, Откыл, Тарташ, Карасума, Кабансуг и др. В высокогорной части разбросаны многочисленные небольшие горные каровые озера.

В заповеднике «Хакасский» проводится большая работа по изучению водно-болотных угодий. С 2006 г. в заповеднике начали изучать водоросли озер и рек. К настоящему времени составлены таксономические списки водорослей степных озер: Беле, Иткуль, Шира, Улуг-коль, Терпекколь, Лиственки, Спиринское. На самом чистом озере республики – оз. Иткуль в летний период ежегодно проводится мониторинг фитопланктона, определяется видовой состав водорослей, их численность. Отводится внимание и биоте болотных комплексов. Изучается состав населения низинных болот поймы реки Кизилки; болот на западном и юго-западном берегу озера Иткуль; заболоченной долины р. Сон; болот северной части озера Улуг-коль.

В настоящее время одной из задач научного отдела является исследование флоры горных озер и водотоков горно-таежного участка «Малый Абакан».

В течение последних лет отбираются пробы на химический анализ самого крупного озера Хакасии – оз. Беле. Рассматриваются изменение ионного состава, минерализации воды озера.

Сохранение водно-болотных угодий является одной из основных задач заповедника, т.к. проблемы, связанные с охраной природных вод и восстановлением устойчивого экологического состояния водных объектов, относятся к числу наиболее актуальных в последнее время.